O varhanách, které stávaly v původním jezuitském kostele vystavěném roku 1725 uprostřed hřbitova, nemáme téměř žádné zprávy. Pouze pamětní kniha lokálie Zaloňov uvádí v roce 1788 v soupise inventáře kostela na kůru „organum pneumaticum“. V písemnostech velkostatku Žireč je zaznamenáno, že roku 1793 opravoval v Zaloňově varhany za cenu 8 zlatých varhanář z Králík.
Roku 1801 byly postaveny nové varhany s 8 rejstříky na dřevěném malém kůru. Autorem je zřejmě Franz Umlauf z Králík.
Pamětní kniha lokálie Zaloňov v roce 1849 zaznamenává opravu kostela. Kůr byl rozšířen a vystavěn na 6 kamenných sloupech, zřízen nový vchod se schodištěm a znovu instalovány původní varhany.
Další opravy nástroje jsou zaznamenány v letech 1858 – drobná oprava varhanářem Kunzem, 1867 – Fridrich Andrs z Hradce Králové a 1876 – Franz Kunz z Trutnova.
Starý kostel na hřbitově byl roku 1897 zbořen a v roce 1900 postaven nový novogotický od architekta Čermáka z Jaroměře. Nové varhany zhotovil v roce 1901 Josef Kobrle z Lomnice nad Popelkou za 1367 zlatých. Jde o jednomanuálový mechanický kuželkový nástroj s novogotickou skříní, který se zachoval bez podstatných změn s původní dispozicí dodnes:
Manuál: (C-f3, 54) Pedál: (C-d1, 27)
Principal 8´ Subbas 16´
Bourdon 8´ Violonbas 8´
Gamba 8´
Salicionál 8´
Oktava 4´
Flétna 4´
Mixtura 2 2/3´
Pevné kombinace: Mezzoforte, Organo pleno (nožní)
Spojky: Pedal Koppel (nožní)
Plovákový měch se nachází za varhanami, vzduch je dnes čerpán pomocí ventilátoru poháněného elektromotorem umístěným ve věži.
V době 1. světové války byly společně se zvony rekvírovány pro válečné účely také prospektové píšťaly. Dne 26.6. 1918 provedl jejich demontáž Josef Mölzer z Kutné Hory. Jednalo se o cínové píšťaly rejstříků Principál 8´ (B-gis) a Oktava 4´ (Dis – Fis) o celkové hmotnosti materiálu 33 kg.
Obnova prospektu byla provedena až v roce 1923 firmou Bratři Riegrové z Krnova, nové zinkové píšťaly opatřené stříbrným nátěrem umístil do nástroje montér Gustav Nietsch a celé varhany naladil. Dne 21. 5. 1923 byly varhany posvěceny.
Při generální opravě kostela v roce 1983 byl také vyčištěn a opraven zdejší nástroj.
V roce 1996 byly nově potaženy klávesy manuálu. Původní potah byl poničen neopatrným používáním elektrického přímotopu. Práce provedli Pavel Víšek z Černožic a František Hájek z Prahy.
Zaloňov L.P. 2012 Ing. Jan Kočí
varhaník
Žalm 150
„Chvalte Hospodina v jeho svatyni,
chvalte ho před jeho trůnem v nebesích.
Chvalte ho zvukem rohů,
Chvalte ho na žaltář a loutnu.
Chvalte ho na tympány,
Chvalte ho na struny a na varhany.“